在学科建设方面，四川大学实施了“学科跨越发展工程”，充分发挥多学科的综合优势，老牌学科实施重振雄威的“学科振兴计划”，优势学科实施瞄准世界前沿的“学科攀登计划”，新型交叉学科实施开拓创新的“学科发展计划”，坚持“优化结构、鼓励交叉、促进融合、重点建设、提高水平、形成特色”的建设方针，在巩固已有的46个国家重点学科和58个部省级重点学科的同时，紧紧抓住影响21世纪科技发展趋势的信息技术、生物技术、纳米技术与新材料技术、新能源和环保技术等，大力发展新兴、边缘、交叉学科，建设好“985工程”二期科技创新平台，鼓励和促进生物医学—纳米技术—材料科学—信息技术领域，资源—环境—工程领域，数学—物理—信息、数学—经济—管理领域，化学—化工—药学领域等的交叉融合，加大资源整合力度，尽快在1～2个学科领域实现重点突破，进入世界一流水平行列；加强“985工程”二期哲学社会科学创新基地建设，鼓励和促进文学—历史—哲学，宗教—社会，国际关系—民族学—社会学—区域经济等领域的交叉融合，实现重点跨越，以带动整体发展，同时大力加强法学、管理学、教育学等有条件的社会科学学科快速发展，加快文科整体前进步伐。在理工医科，在加强已有优势学科建设同时，努力提高对一些需求大、基础好的“中游学科”的投入支持力度，争取新增一批博、硕士点和专业学位点；通过实施“十五”“211工程”14个重点学科建设项目，切实按照精选建设重点、凝炼学科方向、汇聚创新队伍、构筑学科基地、完善公共平台、造就拔尖人才、争取重大任务、创造标志成果、加强国际合作、提高管理水平等十个方面的要求，进一步促进多学科相互交叉、渗透、融合，发展一批国家急需的、有前景的新兴、边缘和交叉学科，加速建成一批名、特、优学科和学科群，整体实力达到国内一流水平，部分学科的重点研究方向达到或接近世界先进水平，从而构建起基础学科力量雄厚、应用学科前景广阔、交叉学科活跃强劲、新兴学科不断生长、基础与应用相互促进，文理工医多学科相互支撑、交叉渗透、协调发展，能够较好适应经济建设、社会发展和科技进步趋势的、充满活力的、充分体现一流研究型综合大学内涵和特征的学科体系。