四川大学是国家知识创新和科技创新的重要基地。拥有国家重点实验室和国家工程技术研究中心6个，国家工程实验室1个，国防重点学科实验室1个，国家技术转移中心1个，教育部重点实验室、工程研究中心及网上合作中心14个， 卫生部重点实验室3个，省级重点实验室45个,教育部哲学社会科学重点研究基地4个，国家级临床研究基地3个，医疗技术精湛的附属医院４所。四川大学科技园是国家最早批准的15个国家大学科技园试点之一。学校在文学、史学、宗教学、数学、材料、能源、化工、轻纺、生物学、口腔医学、临床医学、基础医学等方面都有雄厚的科研实力，并取得了丰硕的研究成果。

四川大学近年来努力构建科研创新体系，科学研究不断取得新突破，科研综合实力大幅度增强。科研总经费实现了逐年增加，2003年为4.0475亿元，2004年为5.5111亿元，2005年 为7.0154亿元，2006年为7.5亿，2007年学校科研总经费已达到8.5亿元，其中理、工、医科研总经费超过8亿元，人文社科科研经费达到 4927.8 万元。每年获国家自然科学基金项目百余项。2003年、2004年、2005年，谢和平院士、魏于全院士、顾忠伟教授相继成为国家“973计划”项目首席科学家；游志胜教授先后中标两项国防重大项目，左卫民教授、张衔教授、邓玲教授、蒋永穆教授先后获得4项国家社科基金重大招标项目，李天德教授获国家社科基金重大委托项目，杜肯堂教授获教育部人文社会科学重大招标项目；获准自然科学基金杰出青年基金总数达到35项。

2003年以来，学校共获国家三大奖15项(国家自然科学二等奖2项、国家科技进步一等奖1项、二等奖9项，国家发明二等奖3项)，其中，2007年获国家自然科学二等奖2项；2005年获国家科技进步一等奖1项，是17年来四川大学首次以第一单位获得的该奖项；获部省级科技成果奖217项，其中2004年获教育部一等奖8项，在全国高校排名中并列第一；获部省级哲学社会科学优秀成果奖227项。

2003年以来，学校每年在国际国内期刊上发表的论文总数和在中国科技论文统计源期刊上发表的论文数均居全国高校前10位。根据中国科技信息研究所公布的数据，2006年我校在国际国内共发表论文6395篇，全国排名第9位；国内统计源期刊论文4338篇，全国排名第6位；SCI收录总数1066篇，全国高校排名第12位（2005年第14位）。